Η πόλη είναι των ελληνιστικών χρόνων και την ίδρυσε ο διάδοχος του Μεγάλου Αλεξάνδρου Μακεδόνας στρατηγός Σέλευκος Νικάτωρ (εξ ου και η δυναστεία των Σελευκιδών), περίπου το 300 μ.Χ..
Η Ζεύγμα είναι κατά 80% βυθισμένη καθώς παρά τις διαμαρτυρίες, κατακλύστηκε από τα νερά τεχνητής λίμνης, από το φράγμα Μπιρετσίκ.
Τα κομψοτεχνήματα τα οποία ανακαλύφθηκαν σε εξαιρετική κατάσταση, ανάγονται στον 2ο μ.Χ αιώνα. Πρόκειται για μοναδικής τέχνης ψηφιδωτά, που απεικονίζουν τις Μούσες και τον Ωκεανό,
Στο ψηφιδωτό με τις Μούσες, το όνομα της καθεμιάς είναι γραμμένο στα ελληνικά, καθώς η ελληνιστική κοινή ήταν η διεθνής γλώσσα της εποχής.