Εκκλησιαστικό μουσείο που θα περιλαμβάνει σημαντικές εικόνες εκ των οποίων η παλιότερη χρονολογείται εδώ και δύο αιώνες, αλλά και άλλα ιερά αντικείμενα σχεδιάζει να δημιουργήσει ο Μητροπολιτικός Ναός στην κατακόμβη του Αγίου Νικολάου.
Ο προϊστάμενος του Μητροπολιτικού Ιερού Ναού Αγίου Νικολάου π. Χαρίλαος Παπαγεωργίου τόνισε πως «ολοκληρώσαμε ένα πολύ σημαντικό έργο που ήταν ο καθαρισμός παλιών 60 εικόνων του παλιού Ναού. Οι εικόνες αυτές καθαρίστηκαν και εκτέθηκαν τον περασμένο Δεκέμβριο. Ήταν ένα έργο της τάξης των 40.000 ευρώ. Αυτές οι εικόνες θα είναι η προίκα του εκκλησιαστικού μουσείου που σχεδιάζεται να δημιουργηθεί στην κατακόμβη του Ναού. Ειδικότερα στο σχεδιασμό μας είναι η ανάπλαση της κατακόμβης και η ανακαίνιση των χώρων του υπογείου. Και ένας από αυτούς τους χώρους θα διαμορφωθεί σε εκκλησιαστικό μουσείο, ώστε να είναι προσβάσιμος στους πολλούς επισκέπτες, κυρίως τους ξένους, που έρχονται στο Ναό. Βέβαια ακόμη δεν μπορούμε να πούμε με ακρίβεια, πότε θα ξεκινήσει να λειτουργεί το εκκλησιαστικό μουσείο, γιατί όλα εξαρτώνται από τη γενική κατάσταση».
Ο ίδιος διευκρίνισε πως «στο μουσείο θα περιλαμβάνονται οι παλιές εικόνες και κάποια άλλα λειτουργικά αντικείμενα. Οι εικόνες που καθαρίστηκαν, είναι όλες εξαιρετικής τέχνης. Μάλιστα η παλιότερη που έχω εντοπίσει, είναι από το 1807».