Συνταγματική, νόμιμη και σύμφωνη με την Ευρωπαϊκή νομοθεσία είναι, έκρινε το Συμβούλιο της Επικρατείας, η παρακράτηση που γίνεται επί των εισοδημάτων των ελευθερίων επαγγελμάτων και των ερευνητικών προγραμμάτων των καθηγητών των Πανεπιστημίων και των ΤΕΙ. Παράλληλα, κρίθηκε ότι η επίμαχη παρακράτηση δεν αποτελεί φόρο.Συγκεκριμένα, η Ολομέλεια του ΣτΕ απέρριψε την προσφυγή 59 καθηγητών ΑΕΙ και ΤΕΙ, οι οποίοι ζητούσαν να ακυρωθεί η από 19.2.2002 υπουργική απόφαση που προβλέπει ότι επί των ακαθάριστων αμοιβών των μελών των ΑΕΙ από την άσκηση ελευθέριου επαγγέλματος ή από ερευνητικά προγράμματα ή ερευνητικά ινστιτούτα θα υπάρχει παρακράτηση από 10% έως 15% υπέρ ειδικού λογαριασμού των ΑΕΙ και ΤΕΙ (Ειδικός Λογαριασμός για την Αξιοποίηση Κονδυλίων του Ιδρύματος).
Οι σύμβουλοι Επικρατείας έκριναν ότι η επίμαχη παρακράτηση δεν έχει φορολογικό χαρακτήρα καθώς τα ποσά που παρακρατούνται διατίθενται υπέρ των Ιδρυμάτων για την κάλυψη δαπανών απαραίτητων για τις ανάγκες έργων (εκπαιδευτικών, επιμορφωτικών, κ.λπ.) και την παροχή υπηρεσιών (επιστημονικών, κ.λπ.).
Ακόμη, αποφάνθηκε η Ολομέλεια του ΣτΕ ότι η επίμαχη παρακράτηση δεν είναι αντίθετη σε καμία συνταγματική διάταξη, όπως είναι τα άρθρα 5 περί οικονομικής ελευθερίας, 43 που προβλέπει τις προϋποθέσεις έκδοσης Προεδρικών Διαταγμάτων, 78 περί φορολογίας, κ.λπ., ενώ έκρινε ότι δεν προσκρούει στις Ευρωπαϊκές οδηγίες.