Τα γεγονότα που σημάδεψαν μια ολόκληρη εποχή, τα πρόσωπα, η ιστορία τους, η πόλη και η ταυτότητά της, ο διχασμός μιας ολόκληρης Περιφέρειας το μέλλον ενός ακαδημαϊκού ιδρύματος… όλα καταγεγραμμένα σε ένα ιστορικό αρχείο. Πως ένα μικρό και χωρίς προοπτική Πανεπιστήμιο «ενηλικιώθηκε»; Γιατί διχάστηκαν πόλεις και Περιφέρειες; Ποιος ήταν ο ρόλος του ισχυρού άντρα της ΝΔ Γιώργου Σουφλιά;
Το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας δημιουργεί τμήμα ιστορικού αρχείου που θα λειτουργεί αυτοτελώς και θα είναι επισκέψιμο σε ερευνητές και κοινό. Θα φιλοξενεί σπουδαίο υλικό, ντοκουμέντα, φωτογραφίες, πίνακες, και σε πρώτη φάση θα στεγαστεί σε χώρο που θα νοικιαστεί. Πολλές προσωπικότητες θέλουν να εμπιστευτούν το αρχείο τους στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας που θα φιλοξενεί σπάνια ντοκουμέντα και η συλλογή του υλικού έχει ήδη ξεκινήσει για να μπορεί να είναι επισκέψιμο σε λίγους μήνες.
«Από τώρα και στο διηνεκές θα είναι επισκέψιμο ένα σπουδαίο αρχείο και θα ξεκινήσουμε να συνομιλούμε με όλες τις προσωπικότητες που συνέβαλαν στο να δημιουργηθεί το πανεπιστήμιο», τόνισε ο πρύτανης κ. Πετράκος και σημείωσε ότι σπάνιο υλικό θα φιλοξενηθεί στο ιστορικό αρχείο προκειμένου να χρησιμοποιείται και από ερενυνητές.
Το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας ιδρύθηκε μαζί με το Πανεπιστήμιο Αιγαίου και το Ιόνιο Πανεπιστήμιο το 1984 και έδρα του ορίστηκε ο Βόλος.
Αρχικά, η διοίκηση του Πανεπιστημίου ανατέθηκε σε Διοικούσα Επιτροπή. Έργο της Διοικούσας Επιτροπής ήταν η ίδρυση και στελέχωση των οργάνων διοίκησης και διαχείρισης του καθώς και η προετοιμασία της ακαδημαϊκής του λειτουργίας μέχρι την αυτονόμησή του εκλογή Πρυτανικών Αρχών.
Η πρώτη Διοικούσα Επιτροπή διορίσθηκε τον Μάρτιο του 1984 με έδρα την Αθήνα, ενώ από τον Σεπτέμβριο του 1994 η έδρα της Διοικούσας Επιτροπής μεταφέρθηκε στην έδρα του Πανεπιστημίου στον Βόλο.
Πρώτος πρόεδρος ήταν ο καθηγητής Παντελής Λαζαρίδης από το 1984 μέχρι το 1990 και τελευταίος ο καθηγητής Ιωάννης Γεωργάτσος από το Δεκέμβριο του 1993 μέχρι τον Δεκέμβριο του 1998.
Οι εκλογές για την ανάδειξη των πρώτων πρυτανικών αρχών του ΠΘ έγιναν τον Δεκέμβριο του 1998 και εκλέχθηκαν ο καθηγητής Παντελής Γ. Λαζαρίδης ως πρύτανης και οι καθηγητές Νικόλαος Αράβας και Κωνσταντίνος Μπαγιάτης ως αντιπρυτάνεις. Η Διοικούσα Επιτροπή έπαυσε και τυπικά να ασκεί τα καθήκοντά της με τον διορισμό των πρώτων πρυτανικών αρχών, οι οποίες ανέλαβαν έκτοτε τη διοίκηση του Πανεπιστημίου. Στις εκλογές που έγιναν το 2002 πρύτανης εκλέχθηκε ο καθηγητής κ. Κωνσταντίνος Μπαγιάτης με αντιπρυτάνεις τον καθηγητή Ν. Μήτση και τον αναπληρωτή καθηγητή (σήμερα καθηγητή) κ. Κωνσταντίνο Γουργουλιάνη. Στις εκλογές του 2005 πρύτανης επανεξελέγη ο καθηγητής κ. Κωνσταντίνος Μπαγιάτης με αντιπρυτάνεις τους κκ καθηγητές Ν. Μήτση και Κωνσταντίνο Γουργουλιάνη και τον αναπληρωτή καθηγητή (σήμερα καθηγητή) κ. Άγγελο Κότιο. Από τις εκλογές του 2008 Πρύτανης εξελέγη ο καθηγητής κ. Κωνσταντίνος Γουργουλιάνης με αντιπρυτάνεις τους κκ καθηγητές Ιωάννη Θεοδωράκη και Βασίλειο Μποντόζογλου και τον αναπληρωτή καθηγητή (σήμερα καθηγητή) κ. Μιχαήλ Ζουμπουλάκη.
Από τις εκλογές του Μαρτίου 2013 πρύτανης εξελέγη ο καθηγητής του Τμήματος Ιατρικής της Σχολής Επιστημών Υγείας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, Ιωάννης Μεσσήνης.
Στις εκλογές του Ιουνίου 2014 πρύτανης εξελέγη ο καθηγητής του Τμήματος Μηχανικών Χωροταξίας Πολεοδομίας και Περιφερειακής Ανάπτυξης της Πολυτεχνικής Σχολής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας Γεώργιος Πετράκος.