Σε 386, από 480, μειώνονται τα τμήματα στο φετινό μηχανογραφικό των υποψηφίων των πανελλαδικών εξετάσεων, λόγω των αλλαγών που επιφέρει στον ακαδημαϊκό χάρτη το σχέδιο «Αθηνά», το οποίο έδωσε στην δημοσιότητα ο υπουργός Παιδείας. Όπως ανακοίνωσε ο υπουργός Παιδείας, Κ. Αρβανιτόπουλος η μείωση του αριθμού των εισακτέων σε πανεπιστήμια και ΤΕΙ με την εφαρμογή του σχεδίου δεν θα ξεπεράσει το 4%. Ειδικότερα, ο αριθμός των εισακτέων στα πανεπιστήμια θα αυξηθεί κατά 15% ιδιαίτερα σε σχολές και τμήματα θετικής κατεύθυνσης, ενώ στα ΤΕΙ θα υπάρξει μείωση εισακτέων περίπου 30% σε τμήματα με ομοειδές γνωστικό αντικείμενο.Σύμφωνα με τον κ. Αρβανιτόπουλο, στην Αθήνα θα λειτουργεί ένα ομοσπονδιακού τύπου πανεπιστήμιο, κατά τα πρότυπα της Βρετανίας και Γαλλίας.
Ικανοποίηση, αλλά και έντονος προβληματισμός επικρατεί στην πανεπιστημιακή κοινότητα του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας μετά την ανακοίνωση του σχεδίου «Αθηνά» από το υπουργείο Παιδείας. Ικανοποίηση για το γεγονός ότι τηρήθηκαν τα όσα είχαν συζητηθεί και συμφωνηθεί όλο το προηγούμενο χρονικό διάστημα σχετικά με την παραμονή των υπαρχόντων Τμημάτων και τη μη αλλαγή του ονόματος του Ιδρύματος, ενώ προβληματισμός επικρατεί για τη μεταφορά της έδρας του Τμήματος Κτηνιατρικής από την Καρδίτσα στη Λάρισα την επόμενη χρονιά. Να αναφερθεί ότι στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας θα ενσωματωθεί από τη νέα χρονιά το Τμήμα Πληροφορικής με εφαρμογή στη Βιοϊατρική, που ανήκει στο Πανεπιστήμιο Στερεάς Ελλάδας.
Μετά τις προαναφερόμενες εξελίξεις το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας θα διαθέτει από την επόμενη χρονιά 13 Τμήματα από 12 που έχει σήμερα.
Τον προβληματισμό του για τη μεταφορά της έδρας του Τμήματος Κτηνιατρικής από την Καρδίτσα στη Λάρισα εξέφρασε ο αντιπρύτανης του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας κ. Μιχ. Ζουμπουλάκης, λέγοντας χαρακτηριστικά πως «αρχικά θεωρήσαμε ότι πρόκειται για τυπογραφικό λάθος. Ουδέποτε στις συζητήσεις με τους αρμοδίους του υπουργείου Παιδείας τέθηκε θέμα μεταφοράς του Τμήματος Κτηνιατρικής στη Λάρισα, όπου δεν υπάρχουν οι υποδομές για τη λειτουργία του. Οι Κτηνιατρικές Σχολές έχουν το μεγαλύτερο κόστος λειτουργίας ανά τον κόσμο και θεωρώ ότι σε καμία περίπτωση δεν πρέπει να μετακινούνται. Είμαστε σε διαρκή επαφή με το υπουργείο Παιδείας προκειμένου να διευκρινίσουμε τι ακριβώς έχει συμβεί, αλλά εκτιμώ ότι τελικά αυτή είναι η απόφαση και δεν πρόκειται για λάθος».
Με ικανοποίηση, αλλά και προβληματισμό δέχτηκαν στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας την ενσωμάτωση του Τμήματος Πληροφορικής με εφαρμογή στη Βιοϊατρική, που όπως προαναφέρθηκε ανήκει στο Πανεπιστήμιο Στερεάς Ελλάδας και έχει έδρα τη Λαμία.
Ο προβληματισμός εστιάζεται στο γεγονός ότι θα πρέπει να ξεκαθαρίσει το θέμα με τη χρηματοδότηση, καθώς το δυναμικό του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας θα αυξηθεί κατά 200 φοιτητές. «Με περιορισμένους πόρους είναι δύσκολο να λειτουργήσει χωρίς προβλήματα το νέο Τμήμα, καθώς για το 2013 η χρηματοδότηση του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας είναι μειωμένη κατά 250.000 ευρώ» τόνισε ο κ. Ζουμπουλάκης.
Ο ίδιος σχολιάζοντας το σχέδιο «Αθηνά» και το κομμάτι που αφορά στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας επισήμανε ότι «επικρατεί σε γενικές γραμμές ικανοποίηση στην πανεπιστημιακή κοινότητα, καθώς όσα συζητήθηκαν και συμφωνήθηκαν το προηγούμενο χρονικό διάστημα με τους αρμοδίους του υπουργείου Παιδείας, τόσο για την παραμονή των υπαρχόντων Τμημάτων, όσο και για τη μη αλλαγή του ονόματος του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, τηρήθηκαν».